Chi cục Quản lý chất lượng nông, lâm và thủy sản Bình Thuận được thành lập theo Quyết định số 27/QĐ-UBND ngày 05/01/2009 của UBND tỉnh Bình Thuận. Chi cục chính thức đi vào hoạt động từ ngày 01/6/2009 với đội ngũ cán bộ, công chức chủ yếu từ Phòng Quản lý chất lượng của Chi cục Thủy sản và một số cơ quan, đơn vị thuộc Sở Nông nghiệp và PTNT Bình Thuận.
Trong quá trình hoạt động và phát triển, Chi cục luôn quan tâm đào tạo nâng cao năng lực, đạo đức công vụ cho đội ngũ công chức, người lao động, đồng thời từng bước chỉnh trang cơ sở vật chất, điều kiện làm việc thuận lợi để đáp ứng và hoàn thành tốt nhiệm vụ được giao, phù hợp với thời đại mới.
Hiện nay, Chi cục có 02 phòng chuyên môn với đội ngũ công chức làm công tác chuyên môn được đào tạo bài bản, có năng lực và bề dày kinh nghiệm trong công tác quản lý chất lượng, an toàn thực phẩm nông, lâm sản và thủy sản; tinh thần phục vụ nhân dân tốt. Chi cục có văn phòng làm việc khang trang, có phòng kiểm nghiệm kiểm tra nhanh một số chỉ tiêu an toàn thực phẩm (như thuốc bảo vệ thực vật trong rau quả, salbutamol trong thịt heo, chỉ tiêu vi sinh vật trong thực phẩm, hàn the, sunfit,…). Chi cục đã áp dụng hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn TCVN ISO 9001:2015.
Hàng năm Chi cục đã hoàn thành khối lượng lớn công việc được giao, từ 2015 – 2020, trung bình mỗi năm thực hiện: 25 lớp tập huấn, xây dựng 04 phóng sự; viết 20 tin bài tuyên truyền an toàn thực phẩm; xây dựng và kết nối 12 chuỗi cung ứng thực phẩm an toàn; thẩm định công nhận đạt điều kiện ATTP cho 250 cơ sở; thanh tra 60 cơ sở; lấy mẫu giám sát vùng sản xuất thủy sản tập trung, giám sát thực phẩm sau thu hoạch khoảng 400 mẫu; ngoài ra còn các hoạt động xúc tiến thương mại (đưa sản phẩm tham gia các hội chợ, tuyên truyền quảng bá trên báo, đài, web …), hỗ trợ các địa phương tổ chức ký cam kết sản xuất kinh doanh đảm bảo ATTP cho khoảng 5.000 hộ,…
Công tác quản lý chất lượng, an toàn thực phẩm nông, lâm sản và thủy sản trên địa bàn tỉnh Bình Thuận từng bước đi vào chiều sâu và mang lại hiệu quả rõ rệt, công tác tuyên truyền, hướng dẫn, giám sát, kiểm tra, thanh tra về an toàn thực phẩm được thực hiện thường xuyên đã làm thay đổi rõ rệt nhận thức và điều kiện sản xuất, kinh doanh thực phẩm; góp phần nâng cao chất lượng, an toàn thực phẩm nông lâm thủy sản trên địa bàn tỉnh, cải thiện và bảo vệ sức khỏe nhân dân.
Chi cục đã được UBND Tỉnh tặng: Danh hiệu “Tập thể lao động xuất sắc” các năm 2016, 2017, 2018, 2019; Bằng khen “Đã có thành tích xuất sắc trong áp dụng hệ thống QLCL theo tiêu chuẩn TCVN ISO 9001:2008 giai đoạn 2014 - 2016”; Bằng khen “Đã có thành tích xuất sắc trong phong trào thi đua yêu nước” từ năm 2017 đến năm 2018, năm 2019; Cờ thi đua “Đã có thành tích xuất sắc dẫn đầu trong phong trào thi đua yêu nước của ngành Nông nghiệp và PTNT năm 2018; Bằng khen “Đã có thành tích xuất sắc trong phong trào thi đua yêu nước tỉnh Bình Thuận, giai đoạn 2015 - 2020”.